A vámpírok és az emberi vámpírvadászok évszázadokon keresztül háborúztak egymással, bár a vámpírok létezése és maga a háború a legtöbb ember előtt titokban maradt. Kurosu Kaien a történelem egyik legismertebb vámpírvadásza úgy dönt, visszavonul. A háború pacifistává tette, szeretné, ha az emberek rájönnének, hogy igenis lehet békésen együtt élni a fajok közötti ellentétek ellenére. Létrehozza a Cross Akadémiát, ami egy bentlakásos intézmény. Még a történet kezdete előtt 10 évvel Yuuki egy hideg és viharos téli éjszakán egyedül sétál, nem tudja, merre megy, azt sem, hogy hol van, csak megy előre, mígnem egy férfi az útját nem állja, kiderül, hogy egy vámpír, aki a vérére feni a fogait, de Kuran Kaname közbe lép és megmenti.

Kaname sokkal többet tud Yuuki múltjáról, mint ő maga, ezt a sötét éjszakát 10 éven át homály fedi. Kaname a Cross Akadémia igazgatójára Kurosu Kaienre bízza a kislányt. A férfi 3 év múlva magához vesz egy újabb árva gyermeket Kiryuu Zerot, a szüleit egy vámpír mészárolta le. Yuuki beleszeretett megmentőjébe Kanaméba aki az esti tagozat vezetője lett. Kaname is egyet ért az igazgatóval ezért csatlakozik az akadémiához, a nemesi származása és átlagon felüli képességei miatt nagy tiszteletnek örvend a vámpírok köreiben az ő segítségével tartják fenn az iskola békéjét.

10 évvel később Yuuki és Zero a Cross Akadémia nappali tagozatos tanulói és őrzői. Az akadémián két diákcsoport tanul felváltva a nappali és az esti, de azonban a nappalis diákoknak fogalmuk sincs, hogy éjjelente vámpírok ülnek az iskolapadokba, így főhőseink feladata a két tagozat egymástól való különválasztása és felügyelete illetve titokban tartása. Míg Yuuki kifejezetten örül a vámpírok  közelségének, addig Zero legszívesebben hidegre tenné az egész esti tagozatot, szülei nyomdokain haladva ő is vámpírvadász szeretne lenni. Yuuki szeretne minél többet megtudni elfeledett múltjáról, családjáról, de legfőképp eltűnt emlékeiről. Úgy érzi, Kaname valamit titkol előle, vajon fény derül az igazságra?